Lo más destacable del monasterio, cercado por una tapia, son la iglesia, la escalera interior, la fachada y los dos claustros. La iglesia, con la advocación a Santa Catalina, parcialmente oculta por las construcciones del siglo XVIII, tiene planta en cruz latina cuyos brazos están constituidos por capillas laterales abiertas en el crucero, en posición ligeramente disimétrica. Tiene ábside rectangular, cubierto por una bóveda de crucería sexpartita, con ligadura de unión al arco triunfal. Tiene arco triunfal apuntado, que está adornado por boceles. La nave está dividida en tres tramos, con cubiertas de ligaduras y terceletes en estrella. Es de estilo gótico arcaizante, de finales del XV-principios del XVI. El claustro pequeño es renacentista, el más característico de la región. Tiene dos pisos con arcadas de medio punto, seis en cada lado, apoyados sobre capiteles piramidales sobre fustes poligonales, y con bases con capiteles sobre plintos altos octogonales. En el piso alto los arcos son de medio punto, con arquivoltas adornadas con flores de cinco pétalos, apoyados sobre capiteles corintios. En el interior del claustro pequeño se conserva el sepulcro de Fray Pedro de Hoznayo, del siglo XV y de estilo gótico. Entre 1789 y 1795 J. Alday Fernández amplia el monasterio, construyendo el claustro grande, la escalera y la remodelación completa de el exterior del edificio, incluida la nueva portalada. Todo ello realizado con gran simplicidad formal, dentro de la tradición académica.